Le Conseil du milieu marin du Nunavut avait préalablement jugé que la liste suivante des enjeux  liés au milieu marin, était particulièrement importante pour ses travaux ;  cette liste continuera à guider les progrès du CMMN et sera revue et actualisée périodiquement. 

• Aménagement en infrastructure (tel qu’aides à la navigation, convenances de carénage, etc..) pour soutenir le réapprovisionnement des communautés et le transport maritime entre les collectivités.
   
• Gestion des pêches et de la faune dans les zones côtières et marines pour assurer la conservation et appuyer les droits à l’exploitation des ressources fauniques, assujetties à l’ARTN ; 
   
• Potentialité d’un déglaçage  à l’année longue, interférant avec l’habitat des espèces sauvages, les déplacements, les récoltes, etc…
   
• Augmentation du tourisme de croisière qui cible les zones fauniques sensibles et les lieux ayant une importance culturelle;
   
• Défi de gérer et de protéger la biodiversité dans un climat changeant et dans le cadre d’un développement industriel croissant ; 
   
• Changements dans l’envergure de la glace marine et dans la dynamique de sa formation et de sa répartition dans l’Arctique ;
   
• Contamination saline possible des approvisionnements en eaux et impact d’une élévation du niveau de la mer sur la pénétration par coin salé  dans les rivières , avec risque d’eau salé dans les prises d’eau ;
   
• Augmentation des degrés d’érosion côtière due à l’élévation du niveau des eaux de la mer ; de plus, les  changements saisonniers de température et  les conditions de  concentration de la glace et du pergélisol continueront à se répercuter sur les structures et la viabilité des collectivités ainsi que sur les activités humaines, en général ;
   
• Planification pour garantir une utilisation équilibrée des zones marines et côtières pour les activités traditionnelles et les nouvelles activités industrielles-commerciales ;
   
• Développement de la capacité et des possibilités d’emploi des Nunavummiut dans les activités liées à la marine et autre.
   
• Rejets d’effluents d’eaux usées municipales et industrielles et leurs répercussions sur le milieu marin ;
   
• Introduction possible de polluants et d’organismes exotiques  par l’échange d’eau de ballast dans les eaux du Nunavut ;
   
• Efficacité des nettoyages des nappes d’hydrocarbures dans les eaux prises par les glaces ;
   
• Élaboration et application de normes appropriées pour les bateaux navigant dans les eaux prises par les glaces, incluant des opérateurs formés avec de l’expérience au Nunavut ;
   
• Manque de règlementation pour les pistes sur la glace, les routes d’hiver, le transport de carburant et un amarrage à l’année longue pour les barges d’accommodement dans les zones marines.
   
• Utilisation de méthodes de prospection sismique dans les eaux prises par les glaces.
   
• Identification des priorités en matière de recherche et de programmes favorisant l’accès au Qaujimajatuqangit inuit et aux résultats de recherche ; et
   
• Nécessité d’assurer une protection règlementée de l’environnement arctique.